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Tienes varias opciones, pero veamos:

Full disclosure: no tengo experiencia de primera mano con CasaOS ni paperless.

La mayoría de las aplicaciones dockerizadas no necesitan instalación, o si la necesitan, es muy mínima y gran parte de las opciones se pueden pasar como parte del entorno del contenedor.

CasaOS tiene una opción de instalación personalizada, que literalmente es un front end de docker compose.

Lo primero que vas a necesitar es una versión dockerizadas de paperless. Hay varias organizaciones que se dedican a hacer estas versiones, a veces incluso hay versiones dockerizadas oficiales. Pero el caso más elemental casi siempre está cubierto por una organización llamada linuxserver. Lo mejor de esas distribuciones es que la configuración de sus contenedores es casi siempre consistente, lo que hace que los contenedores se comporten muy bien entre unos y otros. Tengo entendido que la tienda de aplicaciones de CasaOS es un front end a los dockerfiles de linuxserver.

El paperless dockerizado se encuentra aquí junto con la documentación. Linuxserver dejó de distribuir Paperless en favor de la distribución oficial. Notarás que hay varias opciones de docker compose, si no sabes cuál ocupar, te recomiendo la que se llama docker-compose.sqlite. Ese archivo es la configuración de compose y explica qué hacen cada uno de los valores. Te recomiendo que instales esta distribución y te familiarices con qué hacer cada una de las opciones, si haces algo mal, rehaces el contenedor y todo vuelve a cero.

Para instalarlo, tienes varias opciones:

1. Ocupa el custom install de CasaOS, es copiar y pegar desde la configuración de compose a la pantallita de instalación.
2. Ya tienes instalado Portainer, usa la opción de stacks de Portainer que es otro frontend de docker compose, este es aún más literalmente copiar y pegar.

Cuando estés más en confianza con qué hace cada opción de la configuración, puedes comenzar a ver cómo integrar la aplicación a tus otros servicios, por ejemplo hacer que paperless ocupe el almacenamiento de Nextcloud.

La primera opción que te invito a revisar es ports. el webserver de paperless quiere ocupar el puerto 8000 del huésped para exponer el puerto 8000 del contenedor, esto se expresa así:

8000:8000

Si por ejemplo ya tuvieses otra aplicación en el puerto 8000, docker no levantaría porque el puerto estaría ocupado. Para cambiarlo al puerto 8080 del huésped, lo escribirías así:

8080:8000

Nota que no puedes cambiar el puerto 8000 sin cambiar el funcionamiento del contenedor, pero puedes elegir cualquier pero de tu máquina (el primer número)